Debian: right way

Разбираемся, что и как настраивается.

mysql
Основной конфиг
/etc/mysql/my.cnf
Также читается debian.cnf

Не забываем про
# You can copy this file to /etc/my.cnf to set global options,
# mysql-data-dir/my.cnf to set server-specific options
# (/var/lib/mysql for this installation) or to
# ~/.my.cnf to set user-specific options.


apache
Установленные модули
/etc/apache2/mods-avaliable
Если нам нужно что-то -- ставим, потом идём в mods-enabled и делаем симлинк
ln -s ../mods-avaliable/rpaf.load

Рабочие сайты
/etc/apache2/sites-avaliable
Как и с дополнениями. Свои сайты пишем в sites-avaliable, потом симлинк в sites-enabled

Вообще, в /etc/apache2/apache2.conf крайне редко приходится писать: весь изменяемый функционал вынесен.

php5
Тут у меня получилось 3+ конфигов:
/etc/php5/apache2/php.ini
/etc/php5/cgi/php.ini
/etc/php5/cli/php.ini
Вдобавок в каждой из этих каталогов есть conf.d, которые являются симлинками в /etc/php5/conf.d

Изменения для модулей надо писать в эти файлы, например после установки APC в /etc/php5/conf.d/apc.ini дописываем
apc.ttl=1
apc.max_file_size=16M
(данные строки хочет битрикс)

Также можно создать в /etc/php5/conf.d файл timezone.ini с указанием временной зоны.
В таком случае изменения будут применены для всех доменов. Должно работать в том числе с fastcgi/fcgid, штатно они работают только с локальным php.ini (ispmanager)

[будет дополняться по мере работы с битриксом]