При включении систем ротации логов нужно проверять, что бинлоги не попадают в ротацию, иначе при активной работе с базой появляется куча файлов вида
mysql-bin.000001.1.gz.2.gz.1.1
.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
...
mysql-bin.000001.1.gz.2.gz.1.1
.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1.1
Правильнее делать самой базой
expire_logs_days = 10
max_binlog_size = 128M
и они сами будут создаваться, удаляться. А вот для всяких slow_log можно оставить.