Смотрим причины D+ статуса

Возникла ситуация, что yum update встал в режим D+ (uninterruptable sleep). Просто прибить такой процесс не получится:
http://unix.stackexchange.com/questions/5642/what-if-kill-9-does-not-work

 Понять происходящее помогла статья
http://blog.tanelpoder.com/2013/02/21/peeking-into-linux-kernel-land-using-proc-filesystem-for-quickndirty-troubleshooting/

В любом случае, обычно это значит "нужен hard reboot", желательно с контролем ipmi - если /proc/(pid)/wchan типа writeback_inodes_sb_nr_ub - система штатно не перезагрузится.
Можно попробовать перезапустить диск, если он в массиве, допускающем такое (зеркало, 5, 6,...), примерно так
echo 1 > /sys/block/sr1/delete
echo "- - -" > /sys/class/scsi_host/host7/scan
тут все пути будут отличаться, это что примерно нужно
но если массив такое не позволяет - после отключения диска система "встанет".