Осваиваем letsencrypt

Начать лучше отсюда
https://certbot.eff.org/
и можно заглянуть сюда
https://certbot.eff.org/docs/

Там же есть оф клиент, которым можно сделать запрос. При этом если для centos 7 прямо в epel лежит certbot, то под 6 надо качать скрипт-установщик.

Также есть аналоги типа dehydrated, пример запуска тут:
https://habrahabr.ru/post/304174/
Особенность - из зависимостей только curl и openssl, тогда как оф версия тянет два десятка питоновых либ.

Принцип работы - указываем домен(ы), которые надо подписать, и куда класть проверочный файл, путь будет вида /.well-known/acme-challenge/(длинная строка)
Для апача прямо на сайте есть примеры конфигурации и скрипт умеет "донастроить" апач, также есть режим standalone, когда запустится веб сервер с нужным доменом. Несовместимо с другими серверами на порту 80, и запрашиваемый домен должен вести на тот же сервер, где и запустили утилиту.
С nginx нужно чуть больше работы - или указывать --webroot -w (путь к root проекта), или добавить location /.well-known в нужное место.
Итог искать в /etc/letsencrypt/live/ (с оф клиентом)

Также есть вариант подтверждения через dns, есть в документации.

В дальнейшем запускаем с опцией renew, и оно обновит все сертификаты. Но nginx перезапускать через -s reload недостаточно, надо service nginx reload, а иногда и вообще рестарт.