Из какого пакета файл?

http://linsovet.org.ua/package-file-search

И ещё про rpm
Советы по работе с Yum и RPM
Изучаем Linux, 101: Управление пакетами с помощью RPM и YUM

FreeBSD+pkgng:
# pkg which /usr/local/bin/lua52
/usr/local/bin/lua52 was installed by package lua52-5.2.3_2