https://stackoverflow.com/questions/60924254/mongodb-replicaset-is-broken-in-kubernetes
https://dba.stackexchange.com/questions/236758/mongodb-replicaset-instance-re-join-after-kubernetes-pod-restart
Хотя там и идёт как "вопросы с ошибками", их можно взять за основу.
Но остаётся ещё вопрос. Что в случае кубера, что cfn - у нас после деплоя на выходе есть N обезличенных серверов и нет механизмов, что есть mongo1 а что есть mongoN и что автоматически сборку надо запустить ровно на одной из машин, причём все ноды уже должны быть установлены (резолвиться в днс как минимум). И если запуск сборки ещё можно решить на внешних скриптах, то с именами - всё печально.
Добавляем, что при обновлении можно обновлять за раз менее половины машин, иначе кластер встанет в RO с нехваткой живых голосов, и продолжить обновление можно только после того, как все предыдушие не просто подключились в кластер, а полностью выполнили синхронизацию.